Föreningen Swepumps högsta organ är det ordinarie årsmötet som sker på våren. Oftast har även Swepump ett höstmöte som utgör ett extra årsmöte. På årsmötet har varje medlemsföretag en röst motsvarande som det fungerar på en bolagsstämma. Under året drivs föreningens löpande arbeta av kansliet med stöd av styrelsen. Kansliet huserar hos Teknikföretagens Branschgrupper AB, ett dotterbolag till Teknikföretagen.

Arbetet inom Swepump bedrivs huvudsakligen av styrelsen, av vissa utsedda personer eller i arbetsgrupper. Dessa presenteras under respektive flik till vänster.